Al centro del suono caldo e incisivo del Prophet-6 sono i suoi due oscillatori controllati in tensione discreti di nuova concezione (più sub-oscillatore) per voce. Forme d'onda variabili con continuità forniscono la tavolozza timbrica con onde triangolari, dente di sega, e ad impulso a larghezza variabile. Ci sono due filtri discreti per voce, uno a 4 poli, risonante, passa basse ispirato dal filtro originale Prophet-5, ed uno a due poli, risonante, passa-alte. Amplificatori controllati dalla tensione completano il percorso del segnale completamente analogico. La doppia sezione effetti fornisce riverberi di qualità professionale, delay (standard e BBD), chorus e phase shifter. Mentre gli effetti stessi sono digitali, a 24-bit, 48 kHz, un vero true-bypass mantiene un percorso del segnale completamente analogico. C'è anche un effetto di distorsione stereo indipendente, che è analogico al 100%. Presenti anche dal suo classico predecessore è una sezione Poly Mod migliorata. Fedele alla originale, le sorgenti di modulazione sono filtro inviluppo e l'oscillatore 2 (entrambe con controllo bipolare). Le destinazioni includono oscillatore 1 frequenza, oscillatore 1 forma, oscillatore 1 ampiezza dell'impulso, filtro cutoff passa-basse, e cutoff filtro passa-alte. Un'altra caratteristica apprezzata la modalità Unison, che dispone di un vocie count configurabili (voci 1-6) e le key mode. Il step sequencer polifonico consente fino a 64 step e fino a 6 note per step. È possibile creare sequenze in polifonia e sincronizzarle con un clock MIDI esterno. L'arpeggiatore completp di funzionalità può anche essere sincronizzato al clock MIDI esterno. Le manopole su pannello frontale offrono un accesso immediato a praticamente tutte le funzioni del Prophet-6. Sono inclusi 500 programmi di fabbrica permanenti in 10 banchi da 100 programmi. In aggiunta a questi, è possibile creare e salvare fino a 500 programmi utente di tua scelta.